Учился в Морском кадетском корпусе. По окончании пошел служить на Балтийский флот. В 1768-1774 гг. сражался на русско-турецкой войне в составе Азовской флотилии. Командовал одним из самых крупных кораблей “Модон”, имевшем на борту 16 пушек. В 1775 г. стал командиром фрегата. В 1780 г. мог продолжить карьеру при дворе, в качестве командира императорской яхты, но вскоре отказался от этой должности. После, до 1782 г. охранял от пиратов торговые пути русских судов в качестве командира линейного корабля “Виктор”. Со следующего года контролировал херсонские судоверфи и курировал строительство головной севастопольской базы.
Был назначен командиром линейного корабля “Святой Павел” в начале следующей русско-турецкой войны (1787-1791 гг.). В 1788 г. возглавил авангадр эскадры и сокрушил превосходящий по силам турецкий флот, за что в следующем году получил звание контр-адмирала.
Князем Потемкиным-Таврическим был назначен командиром Черноморского флота в марте 1790 г. В том же году внедрил принципиально новую маневренную тактику, что позволило русскому флоту одержать ряд блестящих побед над Османской империей в Керченском проливе, у острова Тендра и у мыса Калиария. Турецкие корабли преследовались до полного уничтожения или пленения. За боевые заслуги в 1793г. получил звание вице-адмирала.
Во время средиземноморского похода 1798-1800 гг. он снова проявил себя как крупный флотоводец, искусный политик и дипломат, особенно при создании греческой Республики Семи Островов под протекторатом России и Турции. Ушаков продемонстрировал образцы организации взаимодействия армии и флота при овладении Ионическими островами и особенно о. Корфу, при освобождении от французов Италии, во время блокады Анконы и Генуи, при овладении Неаполем и Римом. В 1800 г. эскадра Ушакова вернулась в Севастополь.
Заслуги Ушакова не были оценены Александром I, который назначил его на второстепенную должность главного командира Балтийского гребного флота и начальником флотских команд в Петербурге. В 1807 г. Ушаков ушел в отставку и уехал в свое имение на Тамбовщину. На послание императора, пожелавшего узнать об истинных причинах его увольнения со службы, адмирал ответил: «Душевные чувства и скорбь моя, истощившие крепость сил, здоровья Богу известны – да будет воля его святая. Все случившееся со мною приемлю с глубочайшим благословением». Во время Отечественной войны 1812 г. Ушаков был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от должности. Умер в своем имении и похоронен в Синаксарском монастыре близ г. Темников.
Именем Ушакова названы бухта в юго-восточной части Баренцева моря и мыс на северном побережье Охотского моря. Имя Ушакова носили боевые корабли русского и советского ВМФ. 3 марта 1944 г. Президиум Верховного Совета СССР учредил военный орден Ушакова двух степеней (орден I степени вручен 47 раз, II степени — 194 раза) и медаль. В 2004 г. он причислен к лику святых как праведный воин Феодор Ушаков.
Придавая большое значение морской и огневой выучке личного состава, Ушаков был сторонником суворовских принципов воспитания подчиненных. По его собственным словам, он не потерял в боях ни одного корабля, ни один его подчинённый не попал в плен. Ушаков одержал победу в пяти крупных морских сражениях и не потерпел ни единого поражения. В 2001 году Русской православной церковью причислен к лику святых как праведный воин Феодор Ушаков.